A região de Porto Arraial, que hoje compreende parte do bairro Margem Esquerda, era, no início do século XVIII, conhecida como o Estaleiro das Naus. Isto porque na foz de um córrego próximo ao atual trevo Lagoa X Arraial, havia um estaleiro para construção e reparos de embarcações fluviais e marítimas.

Por volta de 1850, Nicolau Werner, conhecido como “Nicolau Barbudo”, adquiriu grande extensão de terras nas duas margens do rio. Seus filhos, Pedro e José, ocuparam a propriedade da Margem Esquerda. Pedro, agricultor abastado, morava próximo à entrada para Morro Grande.

Andréas Boettger, ferreiro, um dos 17 primeiros fundadores de Blumenau que aqui chegaram em 2 de outubro de 1850, adquiriu terras na região de Porto Arraial. Cristiano Threiss, também grande proprietário à beira-rio, vendeu parte de suas terras a outro alemão, Adão Muller.

Nas terras do Arraial, José Agostinho dos Santos, parente de José Agostinho Pereira e de Inácio Agostinho dos Santos, exercia grande liderança. Na região viviam alguns descendentes dos belgas fundadores de Ilhota. Os mais conhecidos eram Theodoro, Lucas e Maneca “Belgo”.

Nos últimos anos do XIX e início do século XX, várias famílias de origem alemã vieram de São Pedro de Alcântara, Angelina e Biguaçu, como José e Cristina Sabel com sua família, José Miguel e Maria Luiza Pitz com a família, Nicolau Moes ou Maes e Ana com um bebê, as famílias Junkes, Bernz, entre outras.

O bairro leva o nome de Marquem Esquerda por localizar-se à margem esquerda do rio.

Atualmente, o bairro Margem Esquerda faz divisa com os bairros Arraial D’Ouro, Belchior Baixo, Centro, Coloninha, Figueira, Lagoa e Sete de Setembro.